У зв’язку із закінченням у квітні 2016 року, терміну дії сертифікату FSC^®, в серпні 2016 року проходила перша фаза аудиту в рамках Міжнародної добровільної лісової сертифікації за системою FSC (Лісова опікунська рада). В результаті були виявлені недоліки ведення лісового господарства. В жовтні цього ж року проходила друга фаза аудиту. Недоліки, виявлені аудиторами в першій фазі були виправлені. Комісія зробила позитивний висновок про те, що ведення лісового господарства в ДП «Перечинське ЛГ» відбувається належним чином, тобто відповідає 10 принципам та 56 критеріям лісової сертифікації, в результаті чого було рекомендовано видати лісгоспу FSC-сертифікат.

Після заяви міністра аграрної політики та продовольства України на засіданні Кабінету міністрів України про незаконні рубки лісів на Перечинщині, видачу сертифікату було призупинено. Однак, перевірка проведена комісією, яка була створена агентством лісових ресурсів України, не виявила фактів незаконних рубок. Після спростованої інформації, лісова опікунська рада (FSC) знову рекомендувала підприємство до видачі сертифікату, що і було зроблено 27 грудня 2016 року. Термін дії сертифікату 5 років.